Povinnost sepsat protokol, tzn. vytvořit listinu, která věrně zachycuje obsah jednání, seznámit s ní účastníky jednání a nechat je protokol podepsat (viz § 60 a § 62 daňového řádu ), je důležitá zejména proto, aby měl protokol výpovědní hodnotu ohledně obsahu a průběhu jednání. Domluva, že část jednání bude „neoficiální“, tudíž „nezaprotokolovaná“, může ve svém důsledku zpochybnit jakékoli pozdější zaznamenání průběhu a obsahu ústního jednání, které nemá povahu protokolu. Smyslem protokolace je právě zachytit ústní jednání, jak skutečně proběhlo. V opačném případě, kdy se na základě vzájemné dohody obou zúčastněných stran protokoluje něco jiného, než skutečný a úplný průběh jednání, se všichni účastníci ústního jednání vystavují ztížené situaci při budoucím prokazování obsahu jednání, ale především tím popírají samotný smysl protokolace.