Z uvedeného vyplývá, že primárním splněním formální podmínky v podobě předložení daňových dokladů s předepsanými náležitostmi daňovým subjektem je založena jakási vyvratitelná domněnka, že je současně splněna i podmínka hmotněprávní (první krok). To platí, dokud správce daně své důkazní břemeno, jež na něj předložením formálně perfektních dokladů přešlo, neunese tím, že dostatečně zpochybní uskutečnění zdanitelného plnění tak, jak je v daňových dokladech deklarováno (druhý krok). Učiní-li tak, přejde důkazní břemeno zpět na daňový subjekt, který je povinen prokázat pravdivost svých tvrzení ve vztahu k dané obchodní transakci dalšími důkazy, zpravidla již jinými než vlastním účetnictvím (vyvrácení pochybností), popř. musí svá tvrzení korigovat (třetí krok). Po splnění formální podmínky tak povinnost prokazovat splnění podmínky hmotněprávní, v podobě předkládání dalších dokladů, stíhá daňový subjekt až tehdy, pokud správce daně unese své důkazní břemeno. Do té doby jej žádná (další) důkazní povinnost netíží a není proto povinen nad rámec předložených daňových dokladů cokoli tvrdit, natož prokazovat. Proto by mu ani nemohlo být kladeno k tíži případné neprokázání faktického uskutečnění plnění. Přejde-li důkazní břemeno zpět na daňový subjekt, neprokázání pravdivosti jeho původních tvrzení ohledně dané obchodní transakce nezakládá (další) pochybnosti správce daně, nýbrž může představovat důvod pro neuznání nároku na odpočet DPH. Správce daně v průběhu prvostupňového daňového řízení zakládal existenci a prokázání části svých vážných a důvodných pochybností na tom, že žalobkyně věrohodným způsobem neprokázala soulad předložených dokladů se skutečností, neboť nedoložila, že plnění skutečně převzala od deklarovaných dodavatelů. Shodně argumentoval i stěžovatel ve svém rozhodnutí, ve vyjádření k žalobě i kasační stížnosti. Krajský soud však takový přístup odmítl. Ani Nejvyšší správní soud obecně nesouhlasí s názorem, že nepředložení dalších dokladů prokazujících faktické uskutečnění plnění v situaci, kdy správce daně disponuje daňovým dokladem vztahujícím se ke spornému plnění, aniž tento doklad jakkoli zpochybní a svou pochybnost náležitě vyjádří, sama o sobě bez dalšího zakládá pochybnost o předloženém dokladu. Takový výklad důkazního břemene v daňovém řízení je mylný.