Použití doktríny esenciálních výdajů nemůže mít v případě daně z přidané hodnoty místo, a to s ohledem na princip nároku na odpočet daně (§ 72 odst. 1 zákona č. 235/2004 Sb. , o dani z přidané hodnoty). V případě přidané hodnoty totiž nemusí nutně každý náklad představovat přijaté zdanitelné plnění, ze kterého by plynul nárok na odpočet daně, resp. nemusí být nutně na každé uskutečněné zdanitelné plnění vynaloženo přijaté zdanitelné plnění (srov. rozsudek Soudního dvora ze dne 21. 11. 2018, Vădan, C-664/16 ).
Esenciální výdaje a jejich meze u DPH