Aktuální judikatura - Částečné vyměření daně (nadměrného odpočtu)

S ohledem na uvedené je tedy možné povinnost správce daně vydat částečný platební výměr na DPH ve vztahu k té části nadměrného odpočtu, jež není z jeho strany zpochybněna, dovolit již z ustanovení vnitrostátního právního řádu, neboť ten takové interpretaci nebrání, a není tak nutné tentýž závěr dovozovat na základě přímé aplikace směrnice o DPH. O takové povinnosti přitom nelze mít pochyb zejména tam, kde sám plátce DPH o vydání částečného platebního výměru vysloveně žádá, ať již samostatným podáním, nebo uplatněním podnětu na ochranu proti nečinnosti podle § 38 daňového řádu. V takové situaci je správce daně povinen částečně vyměřit nezpochybněnou část DPH za zdanitelné období (v zásadě vykázaný nadměrný odpočet po odečtení reálně v úvahu připadající změnu výsledné daně v neprospěch daňového subjektu v důsledku probíhající daňové kontroly sporné části zdanitelných plnění; určující v tomto směru bude vymezení rozsahu a předmětu prováděné daňové kontroly v protokolu o jejím zahájení, popř. vymezení pochybností v rámci postupu k odstranění pochybností a jejich pozdější zpřesňování, resp. zužování plynoucí z navazujících protokolů či z písemností zasílaných správcem daně). Je však potřeba dodat, že plátce daně by si měl být v takovém případě vědom rizika, že částečný platební výměr by za určitých okolností mohl znít i na daňovou povinnost, pokud by přiznaný nadměrný odpočet byl zcela převážen potenciálním výsledkem kontroly plnění prověřovaných postupem k odstranění pochybností, resp. daňovou kontrolou předcházející vyměření daně (vydání částečného platebního výměru v takové situaci by sice unijní právo patrně nevyžadovalo, avšak je-li pro výplatu nezpochybněné části nadměrného odpočtu přijat výklad daňového řádu umožňující vydání částečného rozhodnutí o stanovení daně, není možné tento výklad bez dalšího omezovat jen na případy negativní daňové povinnosti).