Meze postupu k odstranění pochybností

Jak Nejvyšší správní soud uvedl v rozsudku ze dne 10. října 2012 čj. 1 Ans 10/2012-52 , č. 2729/2017 Sb. NSS, postup k odstranění pochybností má sloužit „především k odstranění jednotlivých, dílčích pochybností již konkrétně vyjádřených“, nikoli „k obsáhlému a časově i personálně náročnému dokazování. Pro takový účel je vhodným nástrojem daňová kontrola; právě ta umožňuje správci daně rozsáhlé i časově náročné dokazování a logicky reflektuje časovou náročnost i v odlišném běhu lhůt pro stanovení daně (§ 148 odst. 3). Pro účely užití postupu k odstranění pochybností se tato ‚výhoda‘ delšího běhu lhůt ke stanovení daně pro správce daně neodrazí.“ Zásadní rozdíl mezi postupem k odstranění pochybností a daňovou kontrolou je v rozsahu oprávnění správce daně. V rámci postupu k odstranění pochybností je správce daně oprávněn toliko žádat od daňového subjektu doložení určitých skutečností, v daňové kontrole je může zjišťovat vlastními postupy, a to i v rámci právní sféry daňového subjektu proti jeho vůli (viz usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 8. července 2008 čj. 9 Afs 110/2007-102 , 104, č. 1729/2008 Sb. NSS ). Vzhledem k invazivnější povaze daňové kontroly je navíc obecně vhodné nejprve zahájit postup k odstranění pochybností a teprve ukáže-li se, že v jeho rámci nelze pochybnosti správce daně o správnosti, průkaznosti či úplnosti údajů uvedených v daňovém přiznání rozptýlit, překlopit jej do daňové kontroly (srov. usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 27. července 2010 čj. 5 Afs 92/2008-147 , č. 2137/2010 Sb. NSS ); volba postupu je nicméně na úvaze správce daně (viz výše citovaný rozsudek čj. 1 Ans 10/2012-52 ). Tato volba je omezena především tím, že postup k odstranění pochybností nelze na rozdíl od daňové kontroly použít pro namátkové prošetření tvrzení daňového subjektu (například rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 10. září 2014 čj. 1 Afs 107/2014-26 , č. 3175/2015 Sb. NSS ). Z výše citovaného § 90 odst. 2 daňového řádu vyplývá, že v rámci postupu k odstranění pochybností lze vydat rozhodnutí o stanovení daně (platební výměr), pokud nedošlo k odstranění pochybností a výše daně nebyla prokázána dostatečně věrohodně. Stanovit daň v rámci postupu k odstranění pochybností tedy lze jen v případě, že daňový subjekt neunese své důkazní břemeno (§ 92 odst. 3 daňového řádu ). Případné zjišťování podvodu na DPH však předpokládá, že daňový subjekt unesl důkazní břemeno ve vztahu k existenci zdanitelných plnění a ke skutečnostem, které uvedl ve svém daňovém přiznání. Účast daňového subjektu na daňovém podvodu prokazuje správce daně, na daňový subjekt nelze přenášet ani důkazní břemeno k vyvrácení zjištění správce daně o existenci podvodu na DPH a účasti daňového subjektu na něm (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 5. října 2016 čj. 6 Afs 170/2016-30 ). Postup k odstranění pochybností tedy není konstruován pro odepření daňového odpočtu na základě zjištěného podvodu na DPH (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 7. listopadu 2019 čj. 6 Afs 136/2019-47 ).