Nejvyšší správní soud v rozsudku č. j. 10 Afs 269/2017 - 34 zároveň připustil, že institut vybrané působnosti může přinést v konkrétních případech komplikace či dokonce i nezákonné zásahy ze strany finanční správy. Je proto především na finanční správě, aby mj. v souladu se zásadou vstřícnosti a zdvořilosti (§ 6 odst. 4 daňového řádu ) nastavila vnitřní postupy a komunikaci mezi finančními úřady vhodným způsobem tak, aby nedocházelo k nepřiměřenému zatěžování daňových subjektů. Teprve pokud těmto povinnostem finanční orgány nedostojí a výkonem vybrané působnosti budou daňový subjekt neúměrně zatěžovat či šikanovat, bude namístě poskytnout daňovým subjektům soudní ochranu proti takovému jednání.
Vybraná působnost a nezákonný zásah