Nejvyšší správní soud rovněž poukázal na skutečnost, že s ohledem na hmotněprávní povahu § 148 odst. 6 daňového řádu by jej bylo možné na právní vztahy vzniklé za předchozí právní úpravy aplikovat pouze tehdy, pokud by tak zákonodárce výslovně stanovil. Takto tomu však není, neboť přechodné ustanovení § 264 odst. 4 věty první daňového řádu na věc nedopadá. Za této situace proto nelze pravidlo obsažené v § 148 odst. 6 daňového řádu použít na již existující právní vztahy (vzniklé za předchozí právní úpravy), neboť by se jednalo o nepřípustnou retroaktivitu v neprospěch daňového subjektu.
Hmotněprávní povaha prekluzivních lhůt