Nejvyšší správní soud dospěl k závěru, že takto vymezený způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků nelze považovat za dostatečně konkrétní, aby mohl naplňovat zákonný požadavek § 34 odst. 5 zákona o daních z příjmů vykládaný ve světle judikatury shrnuté výše. Závěr krajského soudu, podle něhož byl způsob vymezení sice na hranici akceptovatelnosti, ale dostatečný, není v souladu se zvýšenými nároky, které je třeba podle této judikatury klást na splnění formálních požadavků na projekty výzkumu a vývoje. Je pravda, jak uvedl krajský soud, že z vymezeného způsobu kontroly a hodnocení vyplývá, kdo měl kontrolu provádět, v jakých intervalech tak měl činit a v jaké formě měl výsledky kontroly zaznamenat. Z posuzovaných projektů však nevyplývá nic konkrétního o samotném obsahu kontroly a hodnocení. Nebylo nijak vymezeno, podle jakých pravidel (kritérií, metodiky) se mělo po věcné stránce hodnotit, zda a do jaké míry bylo řešení projektu úspěšné. Žádná taková konkrétní pravidla, která by odrážela uskutečněnou seriózní vědeckou práci, přitom nelze dovodit ani z každoročního hodnocení navázaného na rámcové vymezení činností pro jednotlivé roky řešení projektů, o kterou se opřel krajský soud.